Средиземноморские черты свойственны также и почвенно-растительному покрову: здесь на известняковых породах сформировались плодородные коричневые субтропические и перегнойно-карбонатные почвы, а также средиземноморские красноземы — так называемые «терра росса».
Встречаются также горные бурые лесные почвы. Кроме того, здесь развиты почвы более низких высотных поясов, тогда как горно-луговые отмечаются лишь спорадически. Почвы северо-восточных склонов Северных Апеннин подвержены сильной эрозии, против которой ведется решительная борьба. Санмаринцы укрепляют почвенный слой путем облесения склонов и террасирования. Регулируются также и водные потоки, чем также издревле занимались сан-маринские крестьяне.
Растительный покров сильно изменен человеком. Из дикорастущих типичны жестколистные вечнозеленые деревья и кустарники — каменный и пробковый дубы, заросли маквиса и гариги; характерна приморская сосна. В древности, однако, склоны Апеннинских гор были покрыты дубовыми и каштановыми лесами, которые к настоящему времени почти все вырублены.
Для Сан-Марино характерна высотная поясность растительности. На нижних частях склонов и в предгорьях, как и почти повсюду в Северных Апеннинах, преобладают культурные ландшафты с оливковыми насаждениями, полями, виноградниками, садами. Местами до высоты 500—600 м на севере они сочетаются с сохранившимися рощами каменного и пробкового дуба, алепской сосны, пинии и вечнозелеными кустарниками (маквис) на коричневых почвах, более сухие места покрыты кустарниковыми зарослями гариги. На высоте от 500—800 м в поясе большего увлажнения на бурых и карбонатных горно-лесных почвах растут леса из дуба и каштана с примесью клена, ильма, ясеня.